Akcja rozgrywa się w Moskwie w 1584 roku i rozpoczyna się kłótnia w Dumie Bojarskiej: Michaił Nagoy, brat Carycy Marii Fiodorowna, opowiada się za miejscem ze Saltykovem i wciąga pozostałych bojarów w swarę. Zakharyin-Yuriev, brat żony pierwszego cara, przerywa spory, mówiąc o tym, jak ważne jest zebranie ich sprawy: John, dręczony wyrzutami sumienia po morderstwie syna, postanowił zająć pozycję zakonną i poinstruował Dumę, aby wybrać następcę. Tymczasem „wrogowie walczą z Rosją ze wszystkich stron”, w tym jest zaraza i głód. Książę Mścisławski w swojej decyzji mówi o twardości króla. Nagoja ofiarowuje młodemu Dmitrijowi Carewiczowi z królową i, w razie potrzeby, „władcą”, którym jest gotowy; Sitsky - Zakharyin, który nie poplamił się niczym. Zacharin przemawia w imieniu Iwana Pietrowicza Shuisky, siedzącego teraz w oblężonym Pskowie.
Jednak król jest potrzebny natychmiast. Zacharin prosi Godunowa o radę, który nie naprawiał miejsc i skromnie usiadł poniżej. Szczegółowo opisał niemożliwą do pozazdroszczenia pozycję państwa, mówi o niemożliwości zmiany króla w takim czasie i wzywa bojarów, aby poprosili Jana, aby pozostał na tronie. Sitsky, pamiętając okrucieństwa cara, na próżno próbuje powstrzymać bojarów. Idą do cara, decydując po drodze, kto będzie mówił, i lękliwy suwerenny gniew. Godunow podejmuje ryzyko. John, już ubrany w czarną sutannę, po zdjęciu czapki Monomacha, czeka w sypialni na decyzję bojarów i ubolewa nad wspomnieniem ostatniej złej woli. Z Pskowa przybywa posłaniec, którego car początkowo odnosi się do „nowego pana”, ale potem, słysząc, że wieści są radosne, słyszy historię o odbiciu napaści i odwrocie Batura od Pskow. Otrzymuje list od Kurbsky'ego, w którym wyrzuca carowi niezręczną sylabę, grozi szybkim pojmaniem Pskowa, wiele zbrodni Jana nazywa przyczyną jego obecnych porażek i jadowicie przypomina o swoim usunięciu z biznesu. John jest wściekły, ponieważ zniszczył wszystkich krewnych Kurbsky'ego, nie ma siły, by obawiać się każdego. Nadchodzą bojary, których król spotyka z wielką irytacją. Po wysłuchaniu krótkiego przemówienia Godunowa wkłada kapelusz Monomachowa, wyrzucając bojarów, którzy go do tego zmusili, i całuje Godunowa, który wygłosił śmiałe i bezczelne przemówienia „dla dobra państwa”. Nieobecność Sitsky'ego nie pozostaje niezauważona, a car, nie chcąc słuchać wstawienników, nakazuje egzekucję.
W królewskich komnatach Godunów Zakharyin czeka na Jana, a Godunow mówi, że król, chcąc się rozwieść z królową, poleca siostrzenicy królowej angielskiej. Wściekły Zakharyin pyta, jak Godunow próbował odwieść Jana, i otrzymuje odpowiedź, że może on wpłynąć na Jana tylko w sposób okrężny. Wchodzi John i donosi o zamieszkach w polskich oddziałach pod Pskowem oraz o oczekiwaniu ambasadora z Warszawy, wysłanego, jego zdaniem, z prośbą o pokój. Rozkazuje Zakharyinowi poinformowanie ludzi o tej wiadomości. Mówi Godunowowi, aby przedyskutował z angielskim ambasadorem warunki zbliżającego się małżeństwa. Próbuje wstawić się za królową i otrzymuje gniewny napomnienie pełne gróźb. Pozostawiony sam sobie Godunow wyrzuca sobie dobroć i odmawia sumienia nad sprawę. W domu Wasilija Iwanowicza Szużyckiego bojary Mścisławski, Belski i bracia Nagoje spiskowali, by zniszczyć Godunowa. Decydując się na irytację ludu, postanawiają winić Godunowa za wszystkie kłopoty, a Szuisky oferuje Michaiłowi Bityagowskiemu wykonanie planu. Zobowiązuje się zbuntować ludzi i zachęcić go do zabicia. Belsky proponuje wysłać Prokofy Kikin za to samo. Nadchodzi Godunow. Goście pospiesznie się rozpraszają. Godunow narzeka na Shuisky'ego, że nie jest kochany w Dumie, Shuisky zapewnia go o swoim usposobieniu, wsparciu i liściach, nagle wezwanych przez cara. Godunow, pozostawiony sam sobie z Bityagowskim, odkrywa swoją doskonałą znajomość jego intencji i, grożąc mu bezprecedensowymi egzekucjami, wysyła go na te same pola, aby przekonać lud przeciwko Shuisky i Belsky'emu, którzy chcą „otruć króla trucizną”.
Tymczasem carina nie nakazuje matce cararewicza, aby ktokolwiek do niego przyszedł, a zwłaszcza Godunow, ufa tylko Nikicie Romanowiczowi Zachararynowi. Nadchodzi Zakharyin. Królowa opowiada mu o plotkach w pałacu i pyta, czy jej podejrzenie nie jest prawdą, że król chce zostawić ją z Demetriuszem. Zacharin prosi ją, by była gotowa na wszystko, car nie kłócił się i nie ufał Godunowowi. Jan przychodzi z Godunowem i czekając na ubranie królowej, słucha warunków ambasadora angielskiego i pyta o Polaków, którzy przybyli po Garabourd, zastanawiając się, co ziemie obiecuje Polska, i nie chce słuchać lęków przed celem tej ambasady. Tonsured, Dymitr obiecuje dziedzictwo UGLICH, a po wysłuchaniu wstawiennictwa Zakharyina grozi mu egzekucją. W sali tronowej Jan przyjmuje polskiego ambasadora w Garaburdzie. Żądania Batur są tak upokarzające (wyprowadzenie Smoleńska, Połocka, Nowogrodu i Pskowa z pułku Livonii i oddanie Polski Polsce), że z ogólnym szemrem car wpada w szał i po wysłuchaniu zaproszenia polskiego króla do sztuk walki zamierza polować na swojego ambasadora psami i podrzucać go siekiera. Garaburda zauważa, że Jan nie zna wiadomości o zmiażdżeniu rosyjskich pułków na granicy, o tym, że Szwedzi biorą Narovę i ich wspólna kampania z Baturem w Nowogrodzie, i obiecawszy Janowi spotkanie z królem w Moskwie, wyjeżdża. Godunow, który wpadł do środka, potwierdza wszystkie przesłania Garaburdy, ale car nakazuje powiesić fałszywych posłańców i odprawić zwycięskie modlitwy we wszystkich kościołach.
Na placu w Zamoskvorechye tłum jest zmartwiony przed magazynem, oburzony ceną chleba, komornikami biorącymi łapówki i faktem, że król nie dokonuje egzekucji przestępców. Pojawia się Kikin, przebrany za nieznajomego, obwinia Godunowa i odnosi się do Bożego znaku „krwawej gwiazdy z ogonem”. Mówi, że widział w Kijowie cud: krzyż Sofii w ogniu i głos wzywający Godunowa do wznoszenia się, słychać głosy w obronie Godunowa, głosy wzywające do pokonania obrońców, a wreszcie głos Bityagowskiego, który jest szeroko otwarty w kaftanie z usuniętą piosenką. Mówi, że Shuisky i Belsky mieli otruć króla, ale Godunow rzucił psiemu zatrute ciasto. Kiedy Bityagowski jest zakłopotany wędrowcem, który widział cud, woła go po imieniu i mówi, że został wysłany celowo. Pojawia się Grigorij Godunow, ogłaszając, że Borys Godunow kupuje wszystkie zapasy ze swojego skarbca i rozda je jutro bezgotówkowo. Ludzie pędzą do Kikin. W komnatach królewskich królowa, siostra Godunowa, Irina i jego żona Maria patrzą na kometę. Król patrzy na nią z ganku. Mędrcy i czarodzieje zostali sprowadzeni, aby wyjaśnić, po co była kometa. Pojawia się Jan i oświadcza, że zrozumiał znak: kometa ogłasza swoją śmierć. Prosi królową o wybaczenie i pragnąc dokładnie poznać czas śmierci, aby nie umrzeć bez skruchy, wzywa mędrców. Nazywają Kirillin dniem. Na prośbę cara Godunowa czyta synod, w którym wymienione są jego ofiary, Jan uzupełnia listę. Kamerdyner przybywa ze Słobody z wiadomością, że w zimowy dzień pałac spłonął od uderzenia pioruna. Wstrząśnięty, John prosi wszystkich o wybaczenie, modli się z pasją i pyta Fedora, jak zamierza rządzić, ale Fedor prosi o postawienie kogoś innego w królestwie. Przynoszą dwa listy: o zbliżaniu się Chana do Moskwy i powstaniu wokół Kazania. Przynoszą schemat, który żyje w odosobnieniu od trzydziestu lat. Jan, pozostawiony sam sobie, mówi o nieszczęściach, jakie spotkały Rosję i szuka porady. Schemat wzywa wielu ludzi, którzy są w stanie przeciwstawić się wrogowi - wszyscy zostają zniszczeni przez króla. Mówi o księciu, ale książę nie żyje. Poprowadziwszy intrygę, John zmusza bojarów Mścisławskiego, Belskiego, Zacharina i Godunowa do pocałowania krzyża w to, że będą służyć Fedorowi, a piąty mianuje Iwana Pietrowicza Szużyckiego, jeśli przeżyje pod Pskowem. Wysyła ambasadorów na Litwę, aby zawrzeć pokój z Baturem w najbardziej upokarzających warunkach, wierząc, że po jego śmierci Batur będzie domagał się jeszcze więcej, i pragnie z niesłychanym upokorzeniem odpokutować za grzechy.
W Cyrylu dzień króla jest lepszy. Godunow potajemnie wzywa wiedźmy i mówią, że dzień jeszcze się nie skończył. Godunow jest przewidywany przez cesarski tron, trzy gwiazdy oddzielające go od wielkości gwiazdy i jego głównego tajemniczego przeciwnika są upamiętniane („słaby, ale potężny - niewinny, ale winny - nie on sam”, „zabity, ale żywy”). Przybywa dr Jacobi, odpowiadając na Godunowa, że car musi być chroniony przed irytacją, i dlatego Belsky nazywał go bizonem. Godunow akceptuje Bityagowskiego i dowiaduje się, że ludzie są rozgoryczeni przeciwko Szuiskiemu i Belskiemu. Tymczasem John bada skarby, szukając prezentów dla angielskiej królowej i panny młodej, w pobliżu króla wiruje błazen, bufony w sąsiednich komnatach czekają na znak. Następnego dnia car mianuje egzekucję Mędrców i wysyła Borysa, aby im to oznajmił. Jest triumfujący, ale podejrzliwy i podatny na irytację; Siedząc i grając w szachy z Belskim, upuszcza króla. Godunow powraca i po doprowadzeniu króla do szału znaczącą ciszą, ogłasza odpowiedź Mędrców, że ich nauka jest wiarygodna i że Kirillin jeszcze nie minął. W gniewie Jan nazywa Godunowa zdrajcą, oskarża go o zamach na życie, woła katów i upada. Ogólne zamieszanie. Król nazywa spowiednika, bojarów - lekarzy, błędnie uruchomić bufony. John umiera. Ludzie na placu krzyczą, że król był nękany przez Shuisky'ego i Belsky'ego, a oszołomiony Fedor powierza wyjaśnienia Godunovowi. Godunow wysyła bojarów na wygnanie, Mścisławskiego, który wraz z Nagym Bityagowskim oskarża o niepokoje, do klasztoru Nagih - do UGLICH wraz z Carycy i Demetriuszem. Fiodor, szlochając, ściska Godunowa. Ludzie na placu chwalą oba.