W domu Iwana Pietrowicza Shuisky, w obecności wielu duchownych i niektórych bojarów, decydują się na rozwód Fiodora Ioannovicha z carską, siostrą Godunowej, dzięki której, według wszystkich relacji, Borys jest przetrzymywany. Tworzą gazetę, w której pamiętając o jałowości królowej i dzieciństwie Demetriusza, proszą króla o zawarcie nowego małżeństwa. Golovin podpowiada Shuiskyowi o możliwości postawienia Demetriusa w miejsce Fedora, ale otrzymuje surowy odrzut. Księżniczka Mścisławska nosi gości, pije zdrowie Fedora. Szachowski, pan młody Mścisławskaja, swatacz Wołochow nazywa miejsce tajnego spotkania. Iwan Pietrowicz wysyła petycję do metropolity, lamentując nad koniecznością zniszczenia królowej. Fedyuk Starkov, jego kamerdyner, relacjonuje to, co widział Godunow. Po otrzymaniu od Uglicha informacji o związku Golovina z Nagimi i widzeniu zagrożenia dla jego władzy, ogłasza swoim zwolennikom, Lup-Kleshninowi i księciu Tureninowi, decyzję o pogodzeniu z Shuisky. Nadchodzi Fiodor, narzekając na konia, którego zaprzęgnięto w kłębek. Pojawia się Carina Irina, którą Fedor złośliwie informuje o pięknie Mścisławskiej, którą widział w kościele, i natychmiast zapewnia Carycy, że jest dla niego piękniejsza niż wszyscy inni. Godunow mówi o chęci pogodzenia się z Shuisky, a car chętnie podejmuje tę sprawę.
Fedor ogłasza zamiar pogodzenia Godunowa z Szuiskym i prosi o pomoc metropolity Dionizy i innych duchownych. Dionizy oskarża Godunowa o uciskanie kościoła, łagodność wobec heretyków i wznowienie poboru podatków, od których kościół został uwolniony. Godunow przedstawia mu listy ochronne i donosi o prześladowaniu podjętej herezji. Król prosi o wsparcie Iriny i bojarów. W towarzystwie popularnego entuzjazmu pojawia się Iwan Pietrowicz Shuisky. Fedor wyrzuca mu, że nie odwiedził Dumy, Shuisky zniechęca niemożność wyrażenia zgody na Godunowa. Fiodor, pamiętając Pismo Święte i wzywając duchownych na świadków, mówi o korzyściach pojednania, a Godunow, posłuszny mu, wyraża zgodę Shuisky. Shuisky wyrzuca mu, że nie chce dzielić kontroli państwowej, którą Jan przekazał pięciu bojarom: Zacharinowi (nieżyjącemu), Mścisławskiemu (silnie tonsured), Belskiemu (wygnanemu), Godunovowi i Shuisky'emu. Godunow, usprawiedliwiając się, mówi o arogancji Shuisky'ego, że użył jedynej władzy na korzyść Rosji, o czym również świadczy; dodaje, że trudnym zadaniem uporządkowania sfrustrowanego stanu był właśnie Shuysky. A kiedy Iwan Pietrowicz nazywa swego zwolennika metropolitą, informuje o działaniach Godunowa na korzyść kościoła i przekonuje Szuisky do pokoju. Irina, pokazując swoją haftowaną osłonę świątyni Pskow, przyznaje, że jest to ślub modlitewny o zbawienie Szuisky, niegdyś oblegany przez Litwinów w Pskowie. Podekscytowany Shuisky jest gotowy zapomnieć o swojej dawnej wrogości, ale żąda od Godunowa gwarancji bezpieczeństwa dla swoich współpracowników. Godunow przysięga i całuje krzyż. Zapraszają wybranych z tłumu przyniesionego przez Shuisky. Fiodor rozmawia ze starym człowiekiem i nie wie, jak go zatrzymać, w swoim siostrzeńcu rozpoznaje kupca Krasilnikowa, który ostatnio bawił go walką niedźwiedzi, wspomina swojego brata Goluba, który pokonał Szachowskiego pięściami - Godunow i Szuisky nie zdołali natychmiast zwrócić carowi, do czego wezwani byli elektorzy . Shuisky ogłasza pojednanie z Godunowem, kupcy się martwią („Ty godzisz nasze głowy”), Shuisky jest zirytowany nieufnością do osoby, która właśnie zaprzysięgła na krzyżu. Kupcy proszą o ochronę przed królem Godunowem, ale wysyła ich do Borysa. Boris cicho nakazuje spisać nazwiska kupców.
W nocy w ogrodzie Shuysky Princess Mstislavskaya i Vasilisa Volokhova czekają na Shakhovsky. Przychodzi, opowiada o miłości, o niecierpliwości, z jaką czeka wesele, śmieje się z niej i żartuje. Krasilnikow przybiega, wpuszcza, Szachowski ukrywa się, wzywa Iwana Pietrowicza i informuje, że każdy, kto był z carem, został schwytany na rozkaz Godunowa. Zszokowany Shuisky nakazuje Moskwie powstanie do Godunowa. Mając podpowiedź na temat Dymitra Golovina, nagle uciął i oświadczając, że Borys oszukał się, udaje się do cara. Tymczasem pozostali bojary omawiają petycję, szukając nowej królowej. Wasilij Shuisky nazywa księżniczkę Mścisławską. Jej brat nie od razu zdecydował, chcąc znaleźć przynajmniej powód do kłótni z Szachowskim. Wahając się, Golovin zapisuje imię księżniczki w petycji. Pojawia się Szachowska, deklarując, że nie porzuci panny młodej. Znaleziono również księżniczkę i Wołochową. Z ogólnym krzykiem, wzajemnymi groźbami i wyrzutami Szachowska chwyta list i ucieka. Godunow przedstawia carskim dokumentom państwowym, do których treści nie wchodzi, ale zgadza się z decyzjami Borysa. Carina Irina mówi o liście Uglicha od Królowej Wdowy z prośbą o powrót z Dymitrem do Moskwy. Fiodor powierzył sprawę Borisowi, ale Irina zażądała od niego rozwiązania „romansu rodzinnego”; Fedor kłóci się z Borisem i jest zirytowany jego wytrwałością. Shuisky przychodzi, narzeka na Godunowa. Nie odblokowuje, wyjaśniając, że kupcy nie zostali wzięci za przeszłość, ale za próbę zdenerwowania świata między nim a Shuisky. Car jest gotowy wybaczyć Godunowowi, wierząc, że po prostu się nie zrozumieli, ale nieustępliwe żądanie opuszczenia księcia w Ugliczu jest w końcu złoszczone na cara. Godunow mówi, że ustępuje miejsca Shuiskyowi, Fedor błaga go, by został, Shuisky, zraniony zachowaniem cara, odchodzi. Kleshnin przynosi list Golovina Nagima wysłany z Uglicza, Godunow pokazuje go carowi, domagając się, aby Shuisky został aresztowany i prawdopodobnie stracony. W przypadku niepowodzenia grozi odejściem. Zszokowany Fedor po długim wahaniu odmawia służby Godunowa.
Iwan Pietrowicz Shuisky pociesza księżniczkę Mścisławską: nie pozwoli jej poślubić cara i ma nadzieję, że Szachowska nie poinformuje ich. Wysyłając się do księżniczki, przyjmuje bojarów i uciekinierów Krasilnikowa i Dove, a zakładając usunięcie zubożałego Fedora i intronizację Demetriusza, określa zadania każdego. Oddalona Godunow, siedząca w domu, pyta Kleshnina o Wołochową i powtarza wiele razy, „żeby wyświadczyła księciu”. Kleshnin wysyła Wołochowowi do UGLICH nowej matki, nakazuje mu ochronę i sugeruje, że jeśli książę cierpiący na irlandzkiego zabije się, nie poprosi jej. Tymczasem Fedor nie może zrozumieć przedstawionych mu dokumentów. Kleshnin przybywa i informuje, że Boris zachorował z frustracji, a Shuisky musi natychmiast zostać uwięziony za zamiar wyniesienia Demetriusza na tron. Fedor nie wierzy. Wchodzi Shuisky, do którego Fedor mówi o wypowiedzeniu i prosi go o usprawiedliwienie się. Książę odmawia, król nalega, Kleshnin naciska. Shuisky wyznaje bunt. Fiodor, przerażony, że Godunow ukarze Shuisky'ego za zdradę, oświadcza, że sam kazał umieścić księcia na tronie i wypycha zszokowanego Shuiskyego z pokoju. Shakhovskaya wpada do królewskich komnat i prosi o zwrócenie mu narzeczonej. Fedor, widząc podpis Iwana Pietrowicza Shuisky'ego, płacze i nie słucha argumentów Iriny na temat absurdu gazety. Chroniąc Irinę przed zniewagami, podpisuje rozkaz Borysowa, przerażając ją i Szachowskiego. Na moście nad rzeką starzec zamieszkuje ludzi za Shuisky, huzar śpiewa o jego męstwie. Posłaniec jedzie z wiadomością o postępie Tatarów. Książę Turenin z łucznikami prowadzi Shuisky'ego do więzienia. Ludzie zepchnięci przez starca chcą uwolnić Shuisky'ego, ale mówi on o swojej winie wobec „świętego” króla i że zasługują na karę.
Kleshnin informuje Godunowa, że Shuisky i ich zwolennicy są uwięzieni, i przedstawia Wasilija Iwanowicza Shuisky'ego. Odwraca sprawę, jak gdyby wszczął petycję o dobro Godunowa. Rozumiejąc, że Shuisky jest w jego rękach, Godunov pozwala mu odejść. Carina Irina przybywa, by wstawić się za Iwanem Pietrowiczem. Godunow, zdając sobie sprawę, że Shuisky nie przestanie się z nim sprzeczać, jest nieugięty. Na placu przed katedrą żebracy mówią o zmianie metropolity, która budzi sprzeciw wobec Godunowa, o egzekucji kupców stojących za Shuisky. Carina Irina prowadzi Mścisławską do prośby o Shuisky. Fedor wychodzi z katedry, odprawiwszy Requiem Carowi Iwanowi. Księżniczka pędzi u jego stóp. Fedor wysyła księcia Turenina do Shuisky. Ale Turenin donosi, że Shuisky udusił się w nocy, obwiniając się za przeoczenie (ponieważ odepchnął tłum przywieziony do więzienia przez Szachowskiego i pobił tylko strzelając do Szachowskiego). Fedor rzuca się na Turenina, oskarżając go o zabicie Shuisky i grozi mu egzekucją. Posłaniec przynosi list od Uglicha o śmierci księcia. Zszokowany król chce sam poznać prawdę. Pojawia się wiadomość o zbliżaniu się Chana i wczesnym oblężeniu Moskwy. Godunow oferuje wysłać Kleshnina i Wasilija Shuisky, a Fedor jest przekonany o niewinności Godunowa. Księżniczka Mścisławska mówi, że zamierza obciąć włosy. Fedor, za radą swojej żony, przekaże Borisowi cały ciężar rządu i pamiętając o swoim zamiarze „uzgodnienia wszystkiego, wygładzenia wszystkiego”, opłakuje swój los i królewski obowiązek.