To właśnie ten gatunek, charakterystyczny dla literatury XVIII wieku, Goethe wybiera do swojej pracy, akcja rozgrywa się w jednym z małych niemieckich miasteczek pod koniec XVIII wieku. Powieść składa się z dwóch części - są to litery samego Werthera i dodatki do nich pod tytułem „Od wydawcy do czytelnika”. Listy Werthera są adresowane do jego przyjaciela Wilhelma, w którym autor stara się nie tylko opisać wydarzenia z życia, ale także przekazać swoje uczucia, które wywołuje otaczający go świat.
Werther, młody człowiek z biednej rodziny, wykształcony, skłonny do malarstwa i poezji, osiada w małym miasteczku, by być sam. Lubi przyrodę, komunikuje się ze zwykłymi ludźmi, czyta ukochanego Homera, rysuje. Podczas balu poza miastem spotyka Charlotte S. i zakochuje się w niej bez pamięci. Lotta, tak nazywają się bliscy przyjaciele dziewczyny, jest najstarszą córką księcia Amtmana, w sumie w ich rodzinie jest dziewięcioro dzieci. Ich matka zmarła, a Charlotte, pomimo swojej młodości, udało się zastąpić ją braćmi i siostrami. Jest nie tylko atrakcyjna z zewnątrz, ale także ma niezależne osądy. Już pierwszego dnia spotkania Werthera z Lottą ujawnia się przypadek smaków, którzy łatwo się rozumieją.
Od tego czasu młody człowiek spędza większość czasu codziennie w domu amtmana, który jest godzinę drogi od miasta. Wraz z Lottą odwiedza chorego pastora i opiekuje się chorą kobietą w mieście. Każda minuta spędzona w jej pobliżu sprawia Wertherowi przyjemność. Ale miłość młodego człowieka jest skazana na cierpienie od samego początku, ponieważ Lotta ma narzeczonego Alberta, który poszedł po solidną pracę.
Albert przybywa i choć traktuje Werthera ciepło i delikatnie ukrywa przejawy uczuć do Lotte, zakochany młody człowiek jest o nią zazdrosny. Albert jest powściągliwy, rozsądny, uważa Werthera za wybitnego człowieka i wybacza mu jego niespokojne usposobienie. Werther ma trudności z obecnością trzeciej osoby na randce z Charlotte, popada w nieograniczoną zabawę, a potem w ponury nastrój.
Pewnego razu, aby się trochę rozproszyć, Werther idzie okrakiem w góry i prosi Alberta, by pożyczył mu po drodze pistolety. Albert zgadza się, ale ostrzega, że nie są obciążani kosztami. Werther bierze jeden pistolet i kładzie go na czole. Ten nieszkodliwy żart zamienia się w poważną debatę między młodymi ludźmi na temat mężczyzny, jego pasji i umysłu. Werther opowiada historię dziewczyny porzuconej przez kochanka i rzuconej do rzeki, ponieważ bez niego życie dla niej straciło wszelki sens. Albert uważa ten akt za „głupi”, potępia osobę, która namiętnie traci zdolność rozumowania. Werther wręcz przeciwnie, nie znosi nadmiernej racjonalności.
Na urodziny Werther otrzymuje w prezencie paczkę od Alberta: ma kokardę z sukienki Lotty, w której widział ją po raz pierwszy. Młody człowiek cierpi, rozumie, że musi zabrać się do pracy, odejść, ale zawsze odkłada moment rozstania. W przeddzień wyjazdu przybywa do Lotte. Idą do swojej ulubionej altany w ogrodzie. Werther nie mówi nic o zbliżającej się separacji, ale dziewczyna, jakby ją uprzedzając, rozpoczyna rozmowę o śmierci i o tym, co nastąpi. Wspomina swoją matkę, ostatnie minuty przed zerwaniem z nią. Podekscytowana swoją historią Werther znajduje jednak siłę, by opuścić Lottę.
Młody człowiek wyjeżdża do innego miasta, zostaje urzędnikiem u posłańca. Posłaniec jest wybredny, pedantyczny i głupi, ale Werther zaprzyjaźnił się z hrabią von K. i próbuje rozjaśnić swoją samotność w rozmowach z nim. Jak się okazuje, w tym mieście przesądy majątkowe są bardzo silne, a młody człowiek nieustannie wskazuje na swoje pochodzenie.
Werther spotyka dziewczynę B., która niejasno przypomina nieporównywalną Charlotte. Często rozmawia z nią o swoim poprzednim życiu, w tym opowiada o Lotte. Okoliczne społeczeństwo denerwuje Werthera, a jego relacje z posłańcem pogarszają się. Sprawa kończy się tym, że posłaniec skarży się na niego ministrowi, tak jak delikatna osoba, pisze list do młodego mężczyzny, w którym ogłasza go nadmiernie wrażliwym i próbuje skierować swoje ekstrawaganckie pomysły w kierunku, w którym znajdą odpowiednią aplikację.
Werther pogodzi się na chwilę ze swoją pozycją, ale istnieje „uciążliwość”, która zmusza go do opuszczenia służby i miasta. Odwiedził hrabiego von K., usiadł, w tym czasie goście zaczęli się gromadzić. Jednak w mieście nie było zwyczaju, aby człowiek z niższej klasy pojawiał się w szlachetnym społeczeństwie. Werther nie od razu zdał sobie sprawę z tego, co się dzieje, poza tym, widząc znaną dziewczynę B., rozmawiał z nią i dopiero gdy wszyscy zaczęli na niego zezować, a jego rozmówca z trudem kontynuował rozmowę, młody mężczyzna pospiesznie wyszedł. Następnego dnia w mieście rozeszły się plotki, że hrabia von K. wyrzucił Werthera z jego domu. Nie chcąc czekać, kiedy zostanie poproszony o opuszczenie nabożeństwa, młody człowiek składa list rezygnacyjny i wychodzi.
Najpierw Werther podróżuje do swoich rodzinnych miejsc i oddaje się słodkim wspomnieniom z dzieciństwa, potem przyjmuje zaproszenie księcia i idzie do swoich posiadłości, ale tutaj czuje się nie na miejscu. Wreszcie, nie będąc już w stanie znieść rozłąki, wraca do miasta, w którym mieszka Charlotte. W tym czasie została żoną Alberta. Młodzi ludzie są szczęśliwi. Pojawienie się Werthera przyczynia się do ich życia rodzinnego. Lotte sympatyzuje z zakochanym młodzieńcem, ale ona nie widzi jego udręki. Werther się śpieszy, często marzy o zasypianiu i nie budzeniu się, albo chce popełnić grzech, a potem za niego odpokutować.
Pewnego razu spacerując po obrzeżach miasta, Werther spotyka szalonego Henry'ego, zbierając bukiet kwiatów dla swojej ukochanej. Później dowiaduje się, że Henry był pisarzem ojca ojca Lotte, zakochał się w dziewczynie i miłość doprowadzała go do szaleństwa. Werther uważa, że prześladuje go obraz Lotty i nie ma wystarczającej siły, aby położyć kres cierpieniu. Na tym łamią się listy młodego człowieka, a od jego wydawcy dowiadujemy się o jego przyszłym losie.
Miłość do Lotte sprawia, że Werther jest nie do zniesienia dla innych. Z drugiej strony decyzja o opuszczeniu świata staje się coraz silniejsza w duszy młodego człowieka, ponieważ on po prostu nie może opuścić ukochanego. Pewnego dnia odkrywa, że Lotta sortuje prezenty dla swoich bliskich w Wigilię Bożego Narodzenia. Zwraca się do niego z prośbą, aby przyszedł do nich następnym razem nie wcześniej niż w Wigilię Bożego Narodzenia. Dla Werthera oznacza to, że zostaje pozbawiony ostatniej radości w życiu. Niemniej jednak następnego dnia nadal wyjeżdża do Charlotte, razem czytają fragment tłumaczenia piosenek Ossiana Werthera. W przypływie niejasnych uczuć młody człowiek traci kontrolę nad sobą i zbliża się do Lotte, po co prosi go, by ją opuścił.
Po powrocie do domu Werther porządkuje swoje sprawy, pisze pożegnalny list do swojego kochanka, wysyła sługę z notatką do Alberta po pistolety. Dokładnie o północy w pokoju Werthera rozległ się strzał. Rano sługa znajduje na podłodze młodego człowieka, wciąż oddychającego, przybywa uzdrowiciel, ale jest już za późno. Albert i Lotta martwią się śmiercią Werthera. Zakopują go niedaleko miasta, w miejscu, które sam sobie wybrał.