Wydarzenia w sztuce mają miejsce w Egipcie, w mieście Aleksandria, pod koniec panowania dynastii XIII, w 48 rpne. Legiony Cezara wkraczają do Egiptu. Miasto wpada w panikę. Królowa Kleopatra, szesnastoletnia dziewczynka, zniknęła. Nigdzie jej nie znajdą.
W tej chwili Juliusz Cezar, samotnie, na pustyni mija małą kopię Sfinksa i widzi Kleopatrę śpiącą na skrzyni kamiennego posągu. Budzi się, mówi, że jest królową Egiptu, i zaprasza Cezara, którego nazywa „starcem”, aby wdrapał się na nią i ukrył przed Rzymianami. Kleopatra bardzo się ich boi. Cezar przyznaje, że jest Rzymianinem i mówi, że jeśli dziewczyna zrobi wszystko, co mówi, Cezar jej nie urazi. Kleopatra obiecuje zostać jego niewolnikiem i być mu posłusznym we wszystkim. Następnie ukradkiem idą przez pustynię do pałacu.
Kleopatra jest wyjątkowo nieśmiała w pałacu. Boi się wydawać rozkazy niewolnikowi, drży przed swoją nianią Ftatatitą. Cezar uczy ją zachowywać się po królewsku, nakazać i zmusić się do posłuszeństwa. Kleopatra zaczyna smakować i już marzy o tym, jak „nakarmi” swoich niewolników trucizną i rzuci ich na Nil, aby rozerwać je na krokodyle. Cezar prosi ją, aby nie dała się ponieść emocjom. Nadal jednak bardzo boi się Cezara. Kiedy rzymscy żołnierze wchodzą do pałacu, witając osobę obok niej słowami: „Chwała Cezarowi!”, Kleopatra nagle rozumie, iz ulgą, szlochając, wpada mu w ramiona.
Car Ptolemeusz Dionizos (dziesięcioletni chłopiec, brat Kleopatry i jej rywal) i jego opiekun Potin wchodzą do dolnej sali pałacu. Towarzyszy im Teodot, mentor króla, Achilles, jego dowódca wojskowy i dworzanie. Ptolemeusz, pod wpływem Potina, próbuje wyrazić niezadowolenie z inwazji Cezara i zachowania Kleopatry. Cezar wchodzi do pokoju w towarzystwie rzymskiego oficera Ruthiusa i jego sekretarza, Brytyjka, narodowości brytyjskiej, ubranego na niebiesko. Cezar nie jest skłonny do przelewania krwi w Egipcie, ale żąda, aby wypłacono mu część pieniędzy, które Egipt powinien przekazać Rzymowi zgodnie ze starą umową między Cezarem i byłym królem Egiptu za to, że Cezar pomógł kiedyś przywrócić tron. Kleopatra, która postanowiła zachowywać się jak królowa, podbiega do brata, zrywa go z tronu i sama siada na jego miejscu. Cezar, dotknięty rozczarowaniem chłopca, delikatnie go uspokaja.
Egipscy dworzanie i przywódcy wojskowi żądają, aby Cezar opuścił ich ziemię, ale odpowiada, że zrobi to dopiero po tym, jak Kleopatra zostanie królową. Pozwala wszystkim Egipcjanom przejść na emeryturę, ku wielkiemu oburzeniu ich towarzyszy, i ostrzega, że nie będzie w stanie powstrzymać Rutha i jego żołnierzy przez długi czas oraz tych, którzy chcą wyrwać miecze z pochwy. Potin gorzko lamentuje nad rzymską sprawiedliwością, brakiem wdzięczności u Rzymian. Cezar jest zagubiony. Nie rozumie, o co toczy się gra. Potem Potin prosi Lucjusza Septymiusza o odejście, który mówi, że zabił republikańskiego Pompejusza, który chciał pokonać Cezara. Cezar jest zdumiony, przeraża go zbrodnia Lucjusza Septymiusza.
Egipcjanie wyjeżdżają. Cezar zostaje z Kleopatrą, która wyrzuca go z nadmierną wrażliwością. Opowiada mu także, jak jej ojcu udało się odzyskać tron. Pomagał mu piękny młody człowiek, który przybył z Rzymu z wieloma jeźdźcami. Wtedy Kleopatra miała zaledwie dwanaście lat, zakochała się w tym młodym mężczyźnie. Jest bardzo zaskoczona, gdy Cezar mówi, że to on wysłał Marka Anthony'ego, aby pomógł jej ojcu. Cezar obiecuje jej, że jeśli tego zapragnie, wyśle ją do niej.
Cezar nakazuje Ruthiusowi spalenie kilku rzymskich statków stojących w zachodnim porcie i zabranie wszystkich łodzi, które same stoją w wschodnim porcie i złapanie Faros, wyspy z latarnią morską. Potin przybywa do Cezara i zamierza mu wyrazić żądania Egipcjan. Tym razem Cezar go chwyta. Następnie przybywa Teodot i z ogromnym podekscytowaniem donosi, że ogień z rzymskich statków rozprzestrzenił się w Bibliotece Aleksandryjskiej, świętym świętych egipskiej cywilizacji. Cezar radzi mu, aby wezwał pomoc do gaszenia ognia Achillesa i jego armii. (Więc planuje odwrócić uwagę Achillesa od zdobycia wyspy Faros przez Rzymian.) Cezar zakłada swoją zbroję i wychodzi, aby wziąć udział w zdobyciu Faros. Kleopatra błaga go, aby był ostrożny.
Po odejściu Cezara na nasyp, na którym stoją rzymscy strażnicy, pojawia się Apollodorus, sycylijski, patrycjusz, miłośnik sztuki. Przynosi perskie dywany do pałacu, chcąc, aby Kleopatra wybrała niektóre z nich. Sama królowa wybiega z pałacu. Chce natychmiast wsiąść do łodzi i popłynąć do Cezara. Jednak strażnik nie pozwala jej na to. Jest to sprzeczne z rozkazem Cezara. Następnie Kleopatra prosi Apollodorusa łodzią, aby dostarczył Cezarowi piękny perski dywan jako prezent od niej i uzyskał pozwolenie, aby popłynęła do niego na wyspę. Pobiega po dywan. Wkrótce tragarze niosą prezent z pałacu, kładą go na łodzi, a Apollodorus wypływa z brzegu. Kiedy łódź jest już daleko od strażnika, Ftatatita sarkastycznie informuje go, że tęsknił za Kleopatrą, ponieważ mimo to wsiadła do łodzi, owinięta w dywan.
W kierunku wyspy płynie łódź. W tym momencie ktoś wrzuca ciężką torbę do wody, dziób łodzi pęka i tonie. Apollodorus ledwo zdejmuje dywan z wody. Podczas gdy Cezar, Brytyjczycy i Rufius entuzjastycznie obserwowali Apollodorusa i jego brzemię, Egipcjanie wylądowali na brzegu. Rzymianie i Kleopatra potrafią tylko pływać. Cezar pływa, niosąc Kleopatrę na plecach. Wkrótce łódź zbliża się do nich i płyną na pokładzie.
Następujące wydarzenia mają miejsce 47 marca, czyli sześć miesięcy po wydarzeniach początkowych. Potin, wciąż uwięziona przez Cezara i mieszkająca w pałacu, szuka audiencji u Kleopatry, podczas której zachowuje się posłusznie i z szacunkiem, czasami próbuje ustawić królową przeciwko Cezarowi, ale Kleopatra go wypędza. Udaje się do Cezara i chce go przywrócić przeciwko Kleopatrze, ale nie ma na to czasu, ponieważ wchodzi sama królowa, jadając z Cezarem, Apollodorem i Ruthiusem. Cezar prosi Potina, aby powiedział to, co chciał powiedzieć, lub odszedł, ponieważ da mu wolność. Potin po pewnym zamieszaniu zaczyna inspirować go, że Kleopatra chce panować w Egipcie sama i całym sercem czeka na jego odejście. Kleopatra z oburzeniem twierdzi, że to kłamstwo. Cezar stwierdza jednak, że nawet gdyby tak było, byłoby to zupełnie naturalne. Prosi Potina, by wyszedł, i powtarza, że jest wolny. Kleopatra gotuje się ze złości i cicho nakazuje Ftatite zabić Potina, zanim opuści pałac. Podczas lunchu wszyscy nagle słyszą krzyk i dźwięk spadającego ciała. Wchodzi Lucjusz Septymiusz i informuje Cezara, że Potin został zabity, a miasto oszalało, ponieważ Potin był ulubieńcem mieszkańców miasta. Kleopatra wyznaje, że kazała zabić Potina za jego oszczerstwo. Rufius i Apollodorus zatwierdzają jej czyn. Jednak Cezar mówi, że teraz nie będzie w stanie chronić życia królowej przed rozgniewanymi Egipcjanami. Lucjusz Septymiusz uspokaja go. Donosi, że posiłki przybyły do Rzymian - armii Mitrydatów z Pergamonu. Cezar idzie na spotkanie z Mridridates. Przed wyjazdem Ruthius cicho dźga Ftatatitę jak dzika tygrysica, która może zaatakować w dowolnym momencie, jak później wyjaśnia swoje zachowanie Cezarowi. Zatwierdza go. Rzymskie wojska rozbijają Egipcjan, król Ptolemeusz tonie w rzece, a Kleopatra zostaje suwerennym władcą.
Cezar przygotowuje się do wypłynięcia do Rzymu. Przed opuszczeniem Egiptu opuszcza Rufiusa na stanowisko gubernatora. Do Kleopatry potwierdza swoją obietnicę wysłania Marka Anthony'ego.