Powieść liryczna - największe dzieło pisarza - jest napisana w formie epistolarnej. Imię głównego bohatera - Hyperiona - nawiązuje do wizerunku tytana, ojca boga słońca Heliosa, którego mitologiczne imię oznacza Wysokiego Siedzenia. Wydaje się, że akcja powieści, która jest rodzajem „duchowej odysei” bohatera, odbywa się poza czasem, choć areną wydarzeń jest Grecja drugiej połowy XVIII wieku, która znajduje się pod jarzmem tureckim (wskazują na to odniesienia do powstania na morzu i bitwy pod Chesme w 1770).
Po próbach, które spadły na jego los, Hyperion rezygnuje z udziału w walce o niepodległość Grecji, stracił nadzieję na rychłe wyzwolenie swojej ojczyzny, jest świadomy swojej bezsilności we współczesnym życiu. Odtąd sam wybrał ścieżkę odosobnienia. Mając możliwość powrotu do Grecji, Hyperion osiada na Przesmyku Korynckim, skąd pisze listy do swojego przyjaciela Bellarmina, który mieszka w Niemczech.
Wydawałoby się, że Hyperion osiągnął to, czego chciał, ale kontemplacyjny pustelnik również nie przynosi satysfakcji, natura nie otwiera już przed nim ramion, zawsze chętny do połączenia się z nią, nagle czuje się obcym, nie rozumie jej. Wydaje się, że nie jest przeznaczone do znalezienia harmonii ani w sobie, ani bez niej.
W odpowiedzi na prośby Bellarmina Hyperion pisze mu o swoim dzieciństwie spędzonym na wyspie Tinos, snach i nadziejach tamtych czasów. Ujawnia wewnętrzny świat bogato uzdolnionego nastolatka, niezwykle wrażliwego na piękno i poezję.
Ogromny wpływ na kształtowanie poglądów młodego człowieka wywiera jego nauczyciel Adamas. Hyperion żyje w czasach gorzkiego upadku i narodowego zniewolenia swojego kraju. Adamas wzbudza w uczniu podziw dla starożytności, odwiedza majestatyczne ruiny dawnej chwały, opowiada o męstwie i mądrości wielkich przodków. Hyperion przeżywa trudny zerwanie ze swoim ukochanym mentorem.
Pełna duchowej siły i wysokich impulsów Hyperion wyjeżdża do Smyrny, aby studiować sprawy wojskowe i nawigację. Jest podniesiony na duchu, tęskniąc za pięknem i sprawiedliwością, nieustannie spotyka ludzką dwulicowość i staje się zrozpaczony. Prawdziwym sukcesem jest spotkanie z Alabandą, w którym znajduje bliskiego przyjaciela. Młodzi mężczyźni cieszą się młodością, mają nadzieję na przyszłość, łączy ich wysoka idea wyzwolenia ojczyzny, ponieważ żyją w zbesztanym kraju i nie mogą się z tym pogodzić. Ich poglądy i zainteresowania są w dużej mierze bliskie, nie zamierzają stać się jak niewolnicy, którzy zwykle oddają się słodkiemu policzkowi, ogarnia ich pragnienie działania. To tutaj ujawnia się rozbieżność. Alabanda - człowiek praktycznych działań i heroicznych impulsów - nieustannie dąży do idei „wysadzenia zgniłych pniaków”. Jednak Hyperion nalega, aby edukować ludzi pod znakiem „teokracji piękna”. Alabanda nazywa takie rozumowanie pustymi fantazjami, kłótniami przyjaciół i rozstaniem.
Hyperion przeżywa kolejny kryzys, wraca do domu, ale świat wokół jest wybielony, wyjeżdża do Kalawrii, gdzie komunikacja z pięknem śródziemnomorskiej przyrody ponownie budzi go do życia.
Przyjaciel Notara zabiera go do tego samego domu, gdzie spotyka swoją miłość. Diomita wydaje mu się bosko piękna, widzi w niej niezwykle harmonijną naturę. Miłość jednoczy ich dusze. Dziewczyna jest przekonana o wysokim powołaniu swojego wybranego - być „wychowawcą ludu” i prowadzić walkę patriotów. Jednak Diomita jest przeciwna przemocy, nawet w celu stworzenia wolnego państwa. Hyperion cieszy się ze szczęścia, które do niego przyszło, zyskał spokój ducha, ale spodziewa się tragicznego rozwiązania sielanki.
Otrzymuje list z Alabandy z wiadomością o nadchodzącym wystąpieniu greckich patriotów. Pożegnając się ze swoim kochankiem, Hyperion spieszy się, by dołączyć do grona bojowników o wyzwolenie Grecji. Jest pełen nadziei na zwycięstwo, ale został pokonany. Powodem jest nie tylko bezsilność przed potęgą militarną Turków, ale także niezgoda z otaczającymi ich ludźmi, zderzenie ideału z codziennością: Hyperion czuje niemożność sadzenia raju za pomocą bandy rabusiów - żołnierze armii wyzwoleńczej dokonują napadów i masakr, i nic nie można powstrzymać.
Zdecydowawszy, że nie ma nic więcej wspólnego z rodakami, Hyperion wchodzi do służby we flocie rosyjskiej. Odtąd czeka go los wygnania, nawet jego własny ojciec go przeklął. Sfrustrowany, cierpiący moralnie, szuka śmierci w bitwie na Morzu Chesme, ale pozostaje przy życiu.
Po rezygnacji zamierza w końcu spokojnie wyleczyć się z Diomitą gdzieś w Alpach lub Pirenejach, ale otrzymuje wiadomość o jej śmierci i pozostaje niepocieszony.
Po wielu wędrówkach Hyperion trafia do Niemiec, gdzie mieszka od dłuższego czasu. Ale reakcja i zacofanie, które tam panują, wydają mu się duszące, w liście do przyjaciela żrąco mówi o fałszu umierającego porządku publicznego, braku obywatelskich uczuć Niemców, małostkowości pragnień, pojednaniu z rzeczywistością.
Pewnego razu nauczyciel Adamas przepowiedział Hyperionowi, że takie natury jak on są skazane na samotność, wędrówki, na wieczne niezadowolenie z siebie.
A Grecja jest pokonana. Diomita nie żyje. Hyperion mieszka w chacie na wyspie Salami, sortując wspomnienia z przeszłości, żałując strat, niewykonalności ideałów, próbując przezwyciężyć wewnętrzną niezgodę, odczuwać gorzkie poczucie melancholii. Wydaje mu się, że odpłacił czarną niewdzięczność matki ziemi, zaniedbując swoje życie i wszystkie dary miłości, które zmarnowała. Jego przeznaczeniem jest kontemplacja i filozofowanie, tak jak wcześniej pozostaje wierny panteistycznej idei relacji człowieka z naturą.
