Pewien japoński przemysłowiec, pod wpływem amerykańskiej mody, postanowił rozpocząć budowę indywidualnych schronów atomowych, ale nie mógł rozpocząć masowej produkcji, a jedyne zbudowane schronienie zostało porzucone. Pięć lat później firma budowlana, wykorzystując bunkier jako fundament, wzniosła trzypiętrowy budynek, którego tył przylegał do skarpy. W tym domu osiedlił się mężczyzna, który dobrowolnie opuścił społeczeństwo. W niedawnej przeszłości był osobistym sekretarzem słynnego polityka, ożenił się z córką i reklamował schrony atomowe w firmie budowlanej kontrolowanej przez jego teścia.
Ale pewnego pięknego dnia wziął od żony pięcioletniego syna, którego lekarze uważali za upośledzonego umysłowo, i zaczął mieszkać z dzieckiem jako samotnik w schronisku. Sam mianował się pełnomocnikiem tych, których najbardziej kochał na tym świecie - drzew i wielorybów. Zmienił swoje imię, aby podkreślić swoją nową esencję, i zaczął nazywać siebie Ooki („potężne drzewo”) Isana („odważna ryba”). Zajmuje się oglądaniem zdjęć wielorybów, obserwowaniem przez lornetkę drzew rosnących na zewnątrz. Aby być bliżej natury, zrobił dziurę w podłodze bunkra o wymiarach 30 × 30 centymetrów i pogrążył się w myślach, stawiając bose stopy na prawdziwej ziemi. Isana nagrywała głosy różnych ptaków, a jego syn Dzin nauczył się je dokładnie rozpoznawać: okazało się, że chłopiec ma niezwykle chętny słuch.
Kiedy incydent ma miejsce na bagnistej nizinie, która jest widoczna z okien schronu. Młoda dziewczyna uwodzi agenta policji, a jej przyjaciele atakują go i zabierają broń. Aby się uratować, agent wybiera najsłabszego z atakujących, a po wymyśleniu kładzie kajdanki na swojej ręce, podczas gdy klika drugi kajdanki na swojej ręce. Nastolatkowie pokonali agenta, a chłopiec próbuje odciąć rękę, by uciec. Agent policji odpina kajdanki i ucieka, a nastolatki krzyczą za nim przez długi czas.
Widząc, że drzewa były pokryte młodymi liśćmi i zyskały poczucie pełnego bezpieczeństwa, Isana, związana z nimi duchowo, również czuje się chroniona i opuszcza schronienie. On, podobnie jak rośliny, budzi się ze hibernacji i szuka wyjścia z energii, która się w nim zgromadziła. Razem z Jinem wsiada do autobusu i jedzie do parku, ale przybywają za późno: park jest już zamknięty, a przejażdżki nie działają. Stróż jednak tęskni za nimi, aw opuszczonym parku spotykają grupę agresywnych nastolatków, z których jedna ma zabandażowaną rękę. Isana odczuwa nieobliczalny strach i spieszy się z powrotem do schronu. Idąc do sklepu i zostawiając Jin w domu sama, Isana również doświadcza strachu. Ma koszmary w nocy. Ma wrażenie, że ich schronienie jest cały czas obserwowane. Kiedyś odkrywa rysunek na ścianie domu - okrąg i krzyż. Isana maluje obok tego wzoru oczu. W pobliżu domu spotyka dziewczynę, która proponuje mu spanie w garderobie znanej aktorki w opuszczonym studiu filmowym, stojącym nieco dalej od bagnistych nizin. Isana nic nie odpowiada i odchodzi, a nocą słyszy truchtowanie nastolatków na dachu i martwi się o Jina, którego krucha równowaga psychiczna jest tak łatwo zaburzona.
Następnego dnia Isana patrzy przez lornetkę na ruiny studia filmowego i widzi nagą dziewczynę w oknie pawilonu. Nagle zauważa grupę nastolatków, którzy oskarżają go o szpiegowanie ich. Pytają, dlaczego Isana i Jin mieszkają tutaj, nie rozmawiając z nikim. Isana wyjaśnia im, że jest adwokatem ds. Drzew i wielorybów. Grożąc represjami, nastolatki zmusiły Isana do wpuszczenia Boya do jego domu, nastolatka, którego rana zaczęła się ropieć, oraz Inago, tej samej dziewczyny, która zaproponowała Isanowi spanie z nią. Isana idzie do apteki po leki dla pacjenta, a Inago opiekuje się Jinem. Ku zaskoczeniu Isana dziewczynka traktuje dziecko ostrożnie i uważnie.
Jedna z nastolatków, Takaki, opowiada Isanie o Drzewie Wieloryba. Jako dziecko Takaki słyszał o nim, marzył o nim, ale nigdy go nie widział. Nazwa „Drzewo wieloryba” daje Isanowi ciepłe uczucie, zaczyna mu się też wydawać, że takie drzewo istnieje. Wracając z apteki, Isana spada z roweru. Nastolatki śmieją się, w ogóle nie myśląc, że może zostać zraniony. Isana podziwia ich okrucieństwo. Takaki przybywa do Isany w skradzionym samochodzie i kontynuuje historię Wieloryba. Kilka dni później Takaki pokazuje Isanie skrytkę nastolatków: osiedlili się w opuszczonym studio filmowym. Rozebrano szkunera, którego jeden z nich miał strzec, w części przeciągając go do jednego z pawilonów, i tam zebrali go i zaczęli studiować gospodarkę morską, aby później mogli wypłynąć. Nastolatkowie są zjednoczeni w Związku Wolnych Marynarzy i mieszkają właśnie tutaj, wyposażając kabiny w piwnicy.
Widząc, że Takaki przyprowadził Isana, Chłopiec, który prawie wyzdrowiał i wrócił do szkunera, chce zastrzelić „tego szalonego człowieka”: nikt inny nie powinien wiedzieć o ich skrytce. Isana nie boi się śmierci: Inago tak bardzo troszczy się o chłopca, że może sobie poradzić bez ojca. Ale Isana musi wypełnić swoją misję - powiedzieć przybyszom z innych światów, że to nie człowiek rządzi na ziemi, ale wieloryby i drzewa. Walka obawia się, że Isana zgłosi je na policję, ale wszyscy inni nastolatkowie są przepełnieni zaufaniem do Isana i oferują mu dołączyć.
Mężczyzna o imieniu Korotky, który ma już czterdzieści lat, a więc jest jeszcze starszy od Isana, mówi, że w wieku trzydziestu pięciu lat nagle zaczął się kurczyć i wciąż się kurczy. Rzeczywiście, jego kończyny wydają się zbyt długie w porównaniu z nadmiernie krótkim ciałem. Został wysłany do szpitala psychiatrycznego, ale stamtąd uciekł. Nie ma dla niego miejsca w świecie zwykłych ludzi i czuje się normalnie w społeczeństwie nastolatków. Słuchając rozumowania Isana na temat drzew i wielorybów, nastolatki dochodzą do wniosku, że ma to, czego im brakuje: umiejętność wyrażania myśli w słowach. Wierzą, że jego doskonała znajomość słowa może być dla nich przydatna.
Isana wyznaje swoim nastolatkom swoje grzechy: kiedy był sekretarzem swego teścia, przyprowadzał do niego chłopców, pozwalając sobie na zboczenia. Raz przypadkowo zabili chłopca i od tego czasu Isana nie zaznała pokoju. Jako „specjalista od słów” Isan zaczyna uczyć się angielskiego z młodzieżą, wybierając „Moby Dick” i Dostojewskiego w tłumaczeniu na angielski. Na początku obawia się, że rozmowy starca Zosimy będą wydawać się zbyt moralne dla nastolatków, ale słuchają z wielkim zainteresowaniem, a słowo „modlitwa” dosłownie je ujmuje. Ku zaskoczeniu Isana, nastolatki naprawdę zakochały się w Jin i słuchają poważnej muzyki. Isana żyje w oczekiwaniu na koniec świata, a nastolatki czekają na Wielkie Trzęsienie Ziemi - mają ze sobą wiele wspólnego.
Młodzież przyciąga do Unii Wolnych Marynarzy żołnierz sił samoobrony - ukochany Inago. Chcą, żeby nauczył ich obchodzić się z bronią. Isana prosi swoją żonę Naobi, aby znalazła miejsce na wybrzeżu, w którym on i jego przyjaciele mogliby mieszkać od dwóch do trzech tygodni. Naobi znajduje dla nich takie miejsce w Izu, ale tam Korotky popełnia zdradę - fotografuje ćwiczenia wojskowe Związku Wolnych Marynarzy i sprzedaje zdjęcia tygodnikowi. Chce zmusić nastolatków do zabicia go, wierząc, że zbrodnia ich zjednoczy i zmieni Związek Wolnych Marynarzy w organizację wojskową. Nastolatkowie organizują proces Korotky, podczas którego jeden z nich - Tamakichi - przypadkowo rani Korotky. Zdając sobie sprawę, że Krótka rana jest śmiertelna, nastolatki decydują się go zabić. Każdy z nich rzuca w niego kamieniem. Isana i żołnierz oddzielają się. Żołnierz, chwytając załadowany karabin maszynowy i rzucając Inago, siada na motocyklu i ucieka, a nastolatkowie wyruszają w pogoń. Jeden z nich - Tamakichi - rzuca granat w szkunera rybackiego. Szkuner zapala się, a żołnierz zaczyna podejrzewać. Żołnierz popełnia samobójstwo. Inago zostaje kochanką Isan, Isan, Dzini, Inago wraca do Tokio w schronieniu. Tam spotykają nastolatków: niszczą studio filmowe, nie mieli dokąd pójść, a po wybiciu okna wspięli się do schronu Isana.
W pawilonie w studio filmowym toczyła się tylko jedna bitwa: nigdy nie zgodził się na opuszczenie szkunera. Aby nie wpadła w niepowołane ręce, wysadził ją w powietrze. Pracownicy niszczący studio filmowe pobili Boya. Tamakichi zabiera umierającego towarzysza do kliniki na Uniwersytecie Tokijskim i zostawia go w pasażu. Nastolatkowie zastanawiają się, co dalej. Isana prosi Naobi, aby pomógł zdobyć pieniądze na wypłynięcie statku z nastolatkami. Naobi nominowała się do wyborów, a Isana ma nadzieję, że bardziej opłaca się jej mężowi i synowi pływać w morzu, chroniąc wieloryby, niż siedzieć w schronieniu atomowym. Naobi obiecuje zaoferować firmie budowlanej schronienie i ziemię od Isan - wpływy będą wystarczające na planowane przedsięwzięcie. Na wszelki wypadek nastolatki robią zapasy żywności - jeśli mają być oblężone, będą potrzebować ich w schronisku, ale jeśli mają płynąć, zabiorą je ze sobą. Aby nie zagrażać dziecku, nastolatki proponują Isan i Jinowi opuszczenie schronienia, ale Isana chce poinformować swoją żonę, że oni i Jin zostali wzięci jako zakładnicy - wtedy z pewnością oddadzą statek do ich dyspozycji. Samochody policyjne są widoczne z okna schronu. Zmotoryzowany oddział otoczył budynek. Nastolatki strzelają, policja strzela gazem łzawiącym. Wzywają oblężonych do poddania się.
Nastolatki czekają na przybycie żony Isana. Przybywa Naobi, ale twierdzi, że nawet w imię życia swojego dziecka nie zawrze umowy z przestępcami. Nastolatkowie dzielnie walczą, ale moc nie jest po ich stronie i umierają jeden po drugim. Staje się jasne, że nie potrzebują już statku: nadal nie mogli płynąć, ponieważ nawigator i radiooperator zostali zabici. Tamakichi zamierza walczyć do końca, ale nie chce, aby Związek Wolnych Marynarzy zniknął bez śladu. Zaprasza Takaki, by wyszedł i ożywił go. Isana rezygnuje ze stanowiska specjalisty według Związku Wolnych Marynarzy, teraz jest w pełni zaangażowany w obowiązki prawnika wielorybów i drzew. Takaki przyznaje, że jego opowieść o Drzewie Wieloryba jest fikcją, ale Isana protestuje, że gdy tylko nie może udać się do domu Takaki i nie jest do tego przekonany, nic nie stoi na przeszkodzie, aby uwierzył, że to drzewo Wieloryba istnieje. Takaki z białą flagą opuszcza schronienie, a następnie Inago z Jinem w ramionach i lekarzem (byłym studentem instytutu medycznego). Gdy idą do samochodu, policja ich pobiła.
Kiedy samochód zabiera poddanych, samochód strażacki z dźwigiem podjeżdża do schronu i zaczyna niszczyć budynek. W schronie pozostali tylko Isana i Tamakiti. Isana schodzi do bunkra. Stawiając stopy na ziemi, słucha filmu z krzykami wielorybów. Woda bije fontannę: wyrzucona przez samochód strażacki wyciekła pod fundament i zatkała się w miejscu, w którym znajdowała się dziura w podłodze. Pokrywa włazu unosi się, słychać strzały. Isana cofa się. Woda podnosi się coraz wyżej. Zwracając się do dusz drzew i wielorybów, Isana wysyła im ostatnie przebaczenie i umiera.
