W dniu ślubu Borysowa na tronie bojary obliczają owoce jego panowania: stłumioną zarazy, zakończone wojny i żniwa. Są zdumieni, jak długo Godunow musiał go przekonać, aby przejął władzę, i tylko groźba ekskomuniki zmusiła go do tego. Boris wraca z katedry, zamierzając przyjąć ambasadorów. Voeikov ogłasza zwycięstwo nad chanem syberyjskim. Ambasador angielski ofiarowuje pannę młodą Carewiczowi Fedorowi; nuncjusz papieski - porozumienie w sprawie zjednoczenia kościołów; Austriaccy, litewscy, szwedzcy, florenccy ambasadorowie z szacunkiem proszą kogoś o pomoc w sprawie pieniędzy lub żołnierzy, którzy za uznanie ich mienia. Ambasadorzy perscy i tureccy oskarżają się nawzajem o wkraczanie na Iberię, ambasador króla iberyjskiego prosi o ochronę. Car udziela każdemu właściwej odpowiedzi, pełnej godności i siły, i nakazuje wszystkim wstęp do komnat królewskich („Nie ma bariery między narodem rosyjskim a carem!”). Pozostawiony w spokoju Boris triumfuje i, pamiętając o śmierci księcia, decyduje: wtedy nieunikniona cena za wielkość państwa. Niedługo potem, czekając w celi klasztornej na Irinę na obcięcie włosów, Boris słucha doniesień Siemiona Godunowa dla Romanowów, którzy są niezadowoleni z odwołania Dnia Świętego Jerzego; przeciwko Wasilijowi Shuisky'emu, podstępnemu i nierzetelnemu służącemu, ale pewnemu swojej siły, nie chce nikogo karać. Pojawia się Irina, a Boris, przypominając jej o swoich wahaniach na drodze do władzy, prosi go o usprawiedliwienie i przyznaje, że dobrobyt Rosji jest wart nieprawdy, przez którą został królem. Irina, aprobując swoje królestwo, żąda, aby nie zapomniał o swojej winie i nie wybaczył sobie. Rozstali się z własnymi.
W pałacu dzieci Borysa, Fiodora i Xenii słuchają historii Christiana, duńskiego księcia, narzeczonego Xenii - o trudnym dzieciństwie, o powrocie na dwór, o bitwach we Flandrii z wojskami hiszpańskimi, ale kiedy Fedor narzeka na swoją bezczynność, Christian zauważa, że jego pozycja, która pozwala mu studiować rządy pod mądrym władcą, jest o wiele bardziej godna. Christian opowiada, jak kochał Ksenię, zgodnie z historiami ambasadorów, kupców i więźniów, którzy wychwalali wraz z wielkością Rosji piękno, inteligencję i łagodność księżniczki. Zaczynają rozmawiać o Borysie i wszyscy zgadzają się w miłości do cara, który zapomina o chwale i dobrobycie państwa. Wszyscy trzej przysięgają sobie pomagać. Christian prosi Borysa, który wszedł na wojnę, aby pozwolił dowodzić wojskami rosyjskimi, ale carowi zniechęca pokój, który nadszedł od wielu lat. Dzieci wychodzą, a Siemion Godunow, który przybył, ogłasza pogłoskę o cudownie ocalonym księciu Dymitrze. Tsarina Maria Grigoryevna pyta w swoich komnatach urzędnika Wlasyjewa o chrześcijaństwo i bez względu na to, jaka jest Julia Wlasiew, dowiaduje się, że istniało poczucie, że król nie był jego ojcem, a jego starszy brat, który teraz panuje, nie lubi go. Nie składając przyrzeczenia od urzędnika zeznań dla Borysa, wzywa Dementyevnę iz rosnącym rozdrażnieniem dowiaduje się, że Ksenia siedziała z bratem i panem młodym, a car przyjmuje nowe zwyczaje. Carycy, która przybyła do Wołochowa, skarży się, że Borys złapał Ksenię za Niemców, nie pytając jej, i Niemcy najwyraźniej podnieśli księżniczkę. Wołochow zobowiązuje się do poznania siły chrześcijanina i zmiażdżenia go („Jest taki korzeń”). W lesie, w obozie rabusiów, Ataman Chlopko przyjmuje nowe uzupełnienie chłopów, przeklinając Borysa i zniesienie Dnia Świętego Jerzego. Pojawia się Posadsky, który bez obawy żąda uwolnienia towarzyszy schwytanych na moskiewskiej drodze przez rabusia wartownika i przekazuje prawdziwe wieści o pojawieniu się Carewicza Dymitra. Posadsky pokonuje Khlopa, aby udać się do Briańska i tam, po molestowaniu wojsk carskich, otrzymuje przebaczenie i walczy z Godunowem. Pojawia się Mitka, ciągnąc dwóch zbiegłych mnichów, Michaiła Powadina i Grishkę Otrepyev, którzy proszą o wstąpienie do armii bawełny. Kiedy Posadsky, rozbawiwszy złodziei walcząc z Mitką i nakazując rozwałkować beczki wina, nagle znika, okazuje się, że mnisi, którzy szli z nim, nie wiedzą, kim on jest.
Boris musi przyznać, że pojawienie się nowego wroga popchnęło go na krwawą ścieżkę. Siemion Godunow, którego zadaniem jest dowiedzieć się, kto kryje się za Demetriuszem, mówi, że nic nie wiedział kosztem tortur. Szukają imienia Grishki Otrepyev, zbiegającego cudownego mnicha, aby jakoś zmienić nazwę wroga. Borys nakazuje pomnożenie szpiegów i znalezienie dowodów na Romanowów, a ponadto, z powodu trwającego głodu, rozdaje skarb ludziom, nakazując mu, aby nie słuchał bajek o księciu. Carewicz Fedor prosi o wysłanie go do wojska, Carewna Ksenia opłakuje zmianę Borysa i jego okrucieństwo; Chrześcijanin pyta, czy Borys jest pewny śmierci Carewicza, i opowiada plotki. Dzieci wychodzą, pojawia się królowa, pełna żrości i irytacji u chrześcijan, tłumacząc dzieciom o „królu”. Król pozostaje głuchy na jej żądanie odesłania chrześcijanina. Siemion Godunow donosi o szybkim postępie zdrajców, o przekazaniu im żołnierzy i upartym oporze Basmanowa. Wasilij Shuisky oferuje Borisowi, aby sam poszedł do wojska lub wysłał królową-wdową, aby zeznała o śmierci syna. Nakazując Shuisky'emu rozerwać języki tym, którzy rozpowszechniają plotki, Boris wysyła Dymitra dla swojej matki. W domu Fedora Nikiticha Romanowa bojarowie Romanowowie, Sitski, Repnin i Czerkaski piją dla księcia. Przybywa Shuisky, melduje o rozkazie Borysa, jest pytany o swoje poszukiwania w Uglichu, odpowiada niejasno. Siemion Godunow z łucznikami, oskarżając publiczność o to, że chce otruć władcę trucizną, zabiera wszystkich do aresztu, wyposażając Wasilija Szuisky'ego w celu przeprowadzenia przesłuchania. Borys, zastanawiając się sam nad spełnioną przepowiednią („Zabity, ale żywy”), który przybył do Shuisky, kazał oświadczyć z Przodu, że on sam widział ciało cara w Ugliczu. Tymczasem doradcy nacierają na Christiana, tłumacząc, że powinien odmówić ślubu z Ksenią, że Boris zdradził się ze strachem, że Ksenia jest córką złoczyńcy i sługi. Christian, czując zbliżającą się pustkę, wierząc w winę Borysa, nie wie, na co się zdecydować. Przychodzi Ksenia, a on, pomieszany słowami i myślami, mówi o nieuchronnym rozstaniu, a następnie wzywa ją, by uciekła od niego przed ojcem zabójcy. Fiodor, który wszedł po cichu, broni swojego ojca, będą walczyć, Ksenia, płacząc, przypomina sobie złożoną przysięgę. Christian zachwala, a Ksenia i Fedor, uważając go za chorego, odprowadzają go.
Na Placu Czerwonym detektywi słuchają rozmów ludzi idących z Requiem dla Carewicza Dymitra (ogłoszono tam klątwę Grishki). Prowokując, interpretując mowę w sposób odpowiedni dla nich, detektywi chwytają prawie wszystkich z rzędu. Wasilij Shuisky z miejsca egzekucji wygłasza dwuznaczną mowę o nadciągającym wrogu i mówi o poszukiwaniach w Uglichu, aby nie było jasne, kto był zamordowanym dzieckiem. Mniej więcej w tym czasie matka księcia sprowadzona z klasztoru, teraz zakonnica Marta, czekając na Borysa i chcąc zemsty, postanawia uznać oszusta za syna; mówi, że nie widziała swojego zmarłego syna, straciła uczucia, a na nabożeństwie żałobnym łzy napłynęły jej do oczu. Teraz, słysząc o znakach pojawiającego się Carewicza, przyznaje, że został cudownie ocalony i żyje. Caryca Maria Grigoryevna, chcąc skazać za podstęp, wprowadza Wołochowa. Smutek, który ogarnął Martę na widok mordercy jej syna, zdradza ją, ale nie chce publicznie przyznać się do śmierci Demetriusza. Wkrótce lekarz informuje Borysa o pogarszaniu się zdrowia Christiana i jego bezsilności. Siemion Godunow przynosi list od Dymitra Ioannovicha, w którym Boris jest najbardziej przygnębiony obiecaną litością w przypadku dobrowolnego zrzeczenia się tronu, a zatem zaufania złodzieja do powszechnego poparcia. Borys żąda zabrania krótkowłosego Kleshnina, aby mieć pewność śmierci księcia. Nazywa się Christian i wkrótce informuje Xenię i Fedora o swojej śmierci.
Dwóch wartowników, niosących nocną straż w komnacie tronowej, kryje się w strachu, gdy pojawia się bezsenny Boris. Ktoś wyobraża sobie czyjś wizerunek na tronie, a znajdując wartowników, wysyła ich, by sprawdzili, kto tam siedzi. Siemion Godunow przynosi Kleshnina, który potwierdza śmierć Demetriusza, przypomina, że okres panowania Borysowa, przewidziany przez Mędrców, dobiega końca, zachęca go do pokuty i wyjazdu do klasztoru. Rano, po otrzymaniu od Basmanova, który przybył informacji o częściowym zwycięstwie nad „złodziejem”, Boris mówi Fedorowi o potrzebie małżeństwa z tronem io przysiędze, do której przyniosą bojarów. Fedor opuszcza tron, ponieważ nie jest pewien, czy „złodziej” to nie Demetriusz. Boris znacząco proponuje przedstawienie Fedorowi niezaprzeczalnych dowodów śmierci Carewicza, a on, po zrozumieniu zbrodni ojca, z przerażeniem odrzuca dowody i oświadcza, że zaakceptuje koronę. W jadalni, czekając na Basmanova i cara, bojary przeklinają oba i wymieniają wieści o „księciu”. Wchodzi Basmanov, skarżąc się na swoją niewłaściwą ekskomunikę. Boris pojawia się z dziećmi. Boris nagradza Basmanova. Bojary, zauważając smutek Xenii, litują się nad nią i zastanawiają się, co z nią zrobić, „kiedy przyjedzie do królestwa”. Borys żąda przysięgi na wierność Fedorowi i zatwierdzenia tej przysięgi w katedrze, traci siłę i upada. Z ogólną dezorientacją oświadcza, że przyczyną jego śmierci nie jest trucizna, lecz smutek, pozostawiający bojarów w celu dotrzymania przysięgi, przypomina, że „tylko zło narodzi się ze zła” i, ogłaszając króla Fedora, odchodzi