Powieść składa się z pięciu części - każda opowiada o jednym z egzekucji Pana, który spadł na ziemię, jak przepowiedział prorok Ezechiel.
Część pierwsza - „Przypowieść o zaginionym bracie” - opowiada o drugiej egzekucji - głodzie. Scena jest głodną Ukrainą w czasach kolektywizacji; 1933. W wiejskiej herbaciarni Maria, żebraczka, stara się błagać o coś dla Chrystusa, ale nikt jej nie daje - z wyjątkiem żydowskiego chłopca, który dzieli z nią nieczysty chleb wygnania. Wieśniacy są oburzeni aktem nieznajomego; chleb dziewczyny jest zabrany. Chłopiec, który dał swój chleb, to Dan, Aspid, Antychryst, brat Chrystusa Mesjasza. Poprzez objawienia proroków komunikuje się z Panem, który posłał go na ziemię, do Rosji, ponieważ lud ten okłamał Pana, porzucił go - i w ten sposób zastąpił drewniane jarzmo żelaznym jarzmem.
Dziewczyna Maria wraz ze swoim młodszym bratem Wasyą wracają do głodującej wioski. Matka postanawia oddzielić rodzinę - rzucić jedno z dzieci nieznajomemu, po prostu kogoś zostawić; wyjeżdża do pracy w innym mieście. Przed wyjazdem prowadzi Marię i Vasję do miasta; głodnemu dziecku nieznajomy znów podaje chleb, ale jego matka rzuca kawałek „nie nasz, nieortodoksyjny”. Później w mieście dzieci ponownie poprosą Antychrysta o jałmużnę, ale tym razem zatrzyma ich policjant - żebranie jest zabronione.
Porzucone przez matkę dzieci wpadają do odbiornika. Dostają przewodnik, aby z ich pomocą mogli wrócić do domu. Po drodze dyrygent gwałci Mary i ucieka. Dzieci znów idą do schroniska; w nocy stróż opowiada im historię o „dziecku Bożym” Jezusa Chrystusa, torturowanym przez Żydów. Maryja zostaje zabrana z miasta. Dziewczyna ucieka; Będąc samotnie na zaśnieżonym polu, wędruje przez nie, płacząc Bożym wołaniem, z którego oświeca się serce. Maria szuka swojej starszej siostry Kseni, od około roku mieszka w swoim domu. Kiedy staje się niepotrzebnym świadkiem rodzinnych scen (jej siostra zdradza męża i kochanka) i zostaje odesłana z powrotem do wioski. Tam też nikt nie jest szczęśliwy; płacząc z niesprawiedliwości, Mary znów wędruje po polu; tam poznaje Dana, Antychrysta. Zapytana o przyczynę łez dziewczynka odpowiada: „ponieważ żydowscy Żydzi zabili Syna Bożego, a on jest teraz w niebie, a Wasya, mój brat, na ziemi, w mieście Izum”. Tak więc proroctwo Izajasza się spełniło: „Zostałem objawiony tym, którzy nie pytali o Mnie, a którzy mnie znaleźli, nie szukali Mnie”.
Mary idzie do Kercz, do swojej matki. Po pewnym czasie matka umiera, Mary zostaje prostytutką portową. Raz, głodna, znów spotyka Dana, on daje jej nieczysty chleb. Mary płaci mu swoją miłością. Antychryst idzie dalej; ziemia i ludzie za okłamywanie Pana są przeznaczeni na drugą karę - miecz. Maryja, skazana za prostytucję i włóczęgostwo, rodzi syna Wasyę w więzieniu od Dana. W 1936 roku umiera.
Druga część zaczyna się od dyskusji na temat naśladowania Pana - instynktownie lub poprzez umysł. Autor broni idei, że Żydzi nie są lepszymi i gorszymi ludźmi; ale ten lud jest niezwykły ze względu na proroków, którzy umieli słuchać Pana. W „Przypowieści o agonii niegodziwych” opowiadano dziewczynie Annushce. Mieszka w Rzewie z matką i dwoma braćmi; jeden z nich umiera z winy swojej siostry. Kiedyś złodzieje przybywają do Annushki; podczas dochodzenia dziewczyna wskazuje niewinnego mężczyznę - zostaje wysłany do więzienia. Matki otrzymują nowe mieszkanie. Kiedy Dan, Antychryst przybywa do Annushki. Badając malowidła ścienne na ścianach (Annushka mieszka w byłym kościele - z powodu tapety na ścianie pojawia się twarz Chrystusa), zastanawia się nad tym, że duchowni zastąpili Chrystusa bożkiem, wychudzonym przez mnicha aleksandryjskiego; teraz, wiosną 1941 r., ten mnich został z kolei zastąpiony przez „asyryjskiego obsługującego łaźnię” - Stalina. Nad chatami Rzewów Antychryst ma wizję miecza - słowa Pana się spełniają: „Biada miastu krwi, a ja ugasę wielki ogień”. Wojna się zaczyna. Matka Annushki umiera; dziewczyna idzie do sierocińca. Annushka, która podczas okupacji zdołała porozumieć się z Niemcami, nauczyła się nienawidzić Żydów. Irytuje ją sierociniec Shulamith. Zazdrosna o to, że podczas ewakuacji Żydówka przybyła do dobrej przybranej matki, Annushka informuje Niemców, że Sulamith nie jest Rosjaninem. Żydówka zostaje zabita, Annushka zostaje wysłana do Niemiec do pracy. Przed odlotem Dan przyjeżdża do pociągu i prosi dziewczynę, aby przeczytała na głos w Niemczech kartkę papieru, którą jej daje. Antychryst musi przekląć Niemców, tak jak kiedyś Pan przeklął Babilon przez Jeremiasza. Sam prorok nie może wejść do niegodziwej ziemi.
Jedna z kobiet, która została skradziona wraz z Annushką, prosi Dana, by zabrał jej dziecko, dziewczynę Pelageję. Niemcy, którzy zauważyli Żyda, próbują go zabić, ale nie można zabić Antychrysta.
Annushka wypełnia zlecenie Dana - niegodziwe Niemcy, które nienawidzą Boga i jego ukochanego, są przeklęte. Sama Annushka wkrótce umiera na gorączkę.
Akcja „Przypowieści o cudzołóstwie”, która opowiada o trzeciej egzekucji - pożądaniu, rozgrywa się w 1948 r. Rodzina Kolosowa mieszka w mieście Wołga w Boru - żołnierz pierwszej linii Andrei, jego żona Vera i dwie córki, Tasya i Ustya. W pobliżu mieszka dziwna żydowska rodzina - Dan Jakowlewicz i jego córka Rufina, zupełnie różni się od Żydówki. Vera Koposova, której relacje z mężem są bardzo skomplikowane (uważa, że jego żona była mu niewierna podczas wojny), poznawszy Dana, zakochuje się w nim. Zdając sobie sprawę, że nie może bezpośrednio uwieść Żyda, zabiera ze sobą córkę Tasyę. Zakochuje się także w Danie, spotykają się. O tych datach ojciec się dowiaduje. Razem z oszustem Pawłowem próbują zabić Antychrysta, ale nie jest to możliwe. Wiara przychodzi do Dana i oferuje jej wstawiennictwo w zamian za nocleg z nią. Antychryst, kochająca córka, zmuszony jest popełnić cudzołóstwo z matką. Rufina przypadkowo okazała się świadkiem ich spotkania, a Tasia widzi wszystko i mówi ojcu o grzechu matki. Najpierw próbuje zabić swoją żonę, a potem tego dnia umiera z żalu. Tymczasem Rufina ucieka do lasu; tam została prawie zgwałcona przez lubieżnego antysemitą Pawłowa; dziewczyna zostaje uratowana tylko przez pojawienie się dwóch wózków. Po tym doświadczeniu Ruth uświadamia sobie, że jest prorokini, i godzi się z ojcem, klątwą oczyszczoną z grzechu.
Część czwarta, której podstawą jest „Przypowieść o chorobie Ducha”, opowiada o prześladowaniach Żydów na początku lat pięćdziesiątych. Przypowieść poprzedza wprowadzenie - refleksja autora na temat rosyjskiego antysemityzmu. Za tę duchową chorobę Bóg posyła czwartą karę - chorobę, zarazy.
Dwoje dzieci, Nina i Misza z Witebska, przybywają do Moskwy, do rodziny Ivolgin, składającej się z żydowskiego krytyka sztuki, jego rosyjskiej żony Klaudiusza i ich syna Savely. Są siostrzeńcami Klaudiusza; ich rodzice zostali aresztowani pod zarzutem białoruskiego nacjonalizmu. Oriole, ludzie, którzy boją się wszystkiego, którzy pod każdym względem ukrywają swoje żydostwo, porzucają swoje dzieci. Rodzina Ivolginów była milcząco obserwowana przez dwóch sąsiadów ich mieszkania - żydowskiego dozorcę Dana Jakowlewicza i jego córki. W kraju w tym czasie są masowe objawienia żydowskich kosmopolitanów. Tchórzliwy Ivolgin, próbując uchronić się przed aresztowaniem poprzez udział w prześladowaniach swego ludu, wkrótce został aresztowany. Przy pierwszym przesłuchaniu śledczy go zabija.
Po 1953 r. Owdowiała Claudia ma nowego wielbiciela - starca z Ilovaisky, rozsądnego antysemityka. Odbył długą debatę z Danem na temat rosyjskiego chrześcijaństwa. Na przykład stary człowiek łamie kielich: całość jest prosta; zepsuty, staje się skomplikowany. Dan, Antychryst, uważa, że nie można argumentować Ilovaisky - chrześcijaństwo jest zbyt zniekształcone w interpretacjach greckich i średniowiecznych. Słowo, o którym mówi Ewangelia Jana i Ilovaysky'ego, w rzeczywistości jedynie pogarsza znaczenie.
Przedmowa do piątej części - „Przypowieść o złamanym kielichu” - to dyskurs autora na temat relacji między judaizmem a chrześcijaństwem. Bohaterami piątej części są dzieci Antychrysta z różnych matek: Andrieja Koposowa, syna Very, Wasilija Korobkowa, syna Maryi i Pelageya-Ruth, prorokini, adoptowanej córki Dana. Vasily, Andrei i Savely Ivolgin studiują w Instytucie Literackim. Sam Andrzej dochodzi do Biblii, rozumiejąc jej znaczenie - przeciwieństwo chrześcijanina. Pewnego razu młodzi ludzie spotykają się na pokazie mody w Galerii Trietiakowskiej; Pelagia rozpoznaje w wojującym antysemicie Wasilija, syna swojego ojca. Przeklinając „Żydów”, dokonuje skandalu. Przekonawszy się o swoim podobieństwie do ojca, „Żyda”, Wasilij się zawiesza.
Andrei odwiedza jego matka, Vera Koposova. Mówi mu, że jest synem Dana. Andrei, „dobre nasienie”, spotyka swojego ojca; zgromadzona rodzina po cichu obchodzi żydowskie święto religijne.
Będąc na wpół szalonym z nieugaszonej żądzy, Saveliy tworzy dwóch „filozoficznych ludzi” w alchemicznej butelce. W rozmowach z nimi poznaje odpowiedzi na najważniejsze pytania - o ścieżkach do Boga, o prawdzie, dobru i złu, o racjonalnym uzasadnieniu wiary w Boga. W końcu popada w szaleństwo i został zabrany do szpitala psychiatrycznego.
Pelagia, żyjąc dziewicą, czuje, że nadszedł czas, aby zostać kobietą. Idąc za przykładem córek Lota, uwodzi swojego ojca, Antychrysta. On, czując, że plan Pana się urzeczywistnia, gwałci ją, będąc pod wpływem alkoholu. Prorokini Pelagia poczęła syna od Antychrysta. Ten, kto uczynił wszystko, co mu przeznaczone na ziemi, umiera. Przed śmiercią poucza swego syna Andrieja, który idzie do Boga w najtrudniejszy sposób - poprzez umysł, przez wątpliwości.
Syn Pelagii i Antychrysta, także Dan, słucha, jak jego matka czyta mu przemówienia proroka Powtórzonego Prawa, na długo zanim Chrystus wyraził te same idee.
Andriej, Pelagia z synem i Saveliy, uzdrowieni, idźcie z miasta do lasu. Patrząc na surową zimową naturę, rozumieją istotę antagonizmu Chrystusa i Antychrysta: pierwszy jest obrońcą grzeszników i prześladowców, drugi patronuje ofiarom prześladowań. Zbliżają się obliczenia prześladowań, piąta najgorsza egzekucja - pragnienie według słowa Pana, od którego Chrystus nie zbawi.
