: Dochodzenie w sprawie zabójstwa pracownika Luwru ujawnia wiele tajemnic związanych z Marią Magdaleną.
Późno w Luwrze zostaje zamordowany kustosz Jacques Sauniere, którego ciało zniekształcają dziwne znaki. Policja uważa, że ofiara tak się zabiła. Jego zabójca, Silas, wzywa pewnego Nauczyciela i informuje, że cztery osoby, które przekazały mu te same informacje przed śmiercią, zostały usunięte. Pewne braterstwo stworzyło kamień węgielny, na którym jest ono szyfrowane znakami, gdzie przechowywana jest tajemnica tego braterstwa. Wszyscy czterej zabici pokazali, że karta znajduje się w paryskim kościele Saint-Sulpice. Nauczyciel pilnie potrzebuje tej karty.
Policja szuka pomocy u Roberta Langdona, profesora symboliki religijnej na Uniwersytecie Harvarda. Nie znając wcześniej Langdona, Sauniere umówił się z profesorem, który przybył do Paryża dzień wcześniej.
Biskup Aringarosa, ojciec-przewodniczący wspólnoty Opus Dei, lata z Nowego Jorku do Rzymu. Niedawno specjalna grupa monitoruje braterstwo, ponieważ niektórzy z jego członków widzieli niestosowne czyny, ale braterstwo znajduje się pod patronatem Watykanu. Ostatnio niektórzy członkowie wspólnoty zostali zaatakowani. Aringarosa otrzymuje wiadomość, że Silas znalazł kamień węgielny.
Langdon zostaje przeniesiony do Luwru na miejsce zbrodni. Według policji, Sauniere był w swoim biurze, kiedy został zaatakowany. Pobiegł do galerii i włączył alarm, zrywając zdjęcie ze ściany. Wejście do galerii było zablokowane zstępującą kratą, a zabójca strzelił przez nią do kustosza. Sauniere przeczołgał się dość daleko i zmarł. Policja znalazła go nagiego, leżącego na plecach z wyciągniętymi rękami i nogami. Na środku brzucha narysowano pięcioramienną gwiazdę - pentagram. W ciemności obok zwłok widoczne były fioletowe litery i cyfry. Zabójca zniknął bez śladu.
Siostra kościoła Saint Sulpice Sandrine poznaje przedstawiciela Opus Dei, który przybył do Paryża.
Próbując rozszyfrować to, co zostało napisane, Langdon dochodzi do wniosku, że Sauniere ze swoją pozą skopiował słynny obraz Leonarda da Vinci „Człowiek witruwiański”.
Główny śledczy, kapitan Bezu Fache, przesyła obrazy ze znakami do działu kryptografii, a kryptograf Sophie Nieuve z policji sądowej przybywa na miejsce zbrodni. Informuje Langdona, że jest w niebezpieczeństwie.
Aringarosa spotyka się z Silasem, któremu kiedyś uratował życie, oraz z Nauczycielem.
Sophie mówi Fache, że zestaw liczb jest ciągiem Fibonacciego. Udoskonalając ten moment, spotyka się na osobności z Langdonem i mówi mu, że jest on pierwszym podejrzanym o morderstwo, więc w jego kieszeni umieszczono specjalny nadajnik ostrzegawczy. Oprócz tajnych znaków napisanych przy ciele był też napis, który Fache wymazał: Sauniere poprosił o znalezienie Langdona. Napis nie był przeznaczony dla policji, ale dla niej, ponieważ jest ona wnuczką Sauniere.
Sophie została sierotą o czwartej. Jej rodzice, babcia i młodszy brat zginęli w wypadku samochodowym, a jej dziadek wychował dziewczynę. Dziesięć lat temu, wracając do domu bez ostrzeżenia, znalazła dziadka w towarzystwie dziwnych ludzi, którzy czczą jakiś przedmiot i wykonują dziwne obrzędy. Sophie z nim zerwała. Od tego czasu nie widzieli się, chociaż jej dziadek poprosił ją o spotkanie.
Z pomocą Sophie Langdonowi udaje się uciec z Luwru. Po uważnym przeczytaniu wpisu Langdon konkluduje, że jest to anagram słów „Leonardo da Vinci Mona Lisa”, a sekwencja Fibonacciego jest szyfrem.
Sophie zostaje sama w Luwrze. Chce znaleźć „Mona Lisę” i dowiedzieć się, jakie tajemnicze przesłanie zostawił jej dziadek.
Silas przybywa do kościoła Saint-Sulpice. Prosi siostrę Sandrine, aby zostawiła go samego na modlitwie. Ukrywa się, siostra Sandrine obserwuje go.
Sophie przychodzi na miejsce zbrodni.Langdon nie ucieka, ale wraca do niej. Myśląc, dochodzi do wniosku, że napis obok zmarłego został zaszyfrowany symbolem tajnego stowarzyszenia, które Sophie widziała kiedyś ze swoim dziadkiem. Po obejrzeniu szkła w obrazie „Mona Lisa” widzą napis we krwi - jedną z podstawowych zasad wspólnoty.
Sophie analizuje kolejny obraz Leonarda da Vinci „Madonna in the Grotto”. Tam znajduje klucz o nietypowym kształcie, który kiedyś widziała w dzieciństwie dziadka, i który powinien otworzyć pudełko z wieloma sekretami. Na kluczu widzą adres.
Langdon zostaje aresztowany przez agenta ochrony w Luwrze, ale Sophie go ratuje.
Silas, myśląc, że jest sam w kościele, wyciąga Biblię z skrzynki, aby dowiedzieć się, gdzie jest kamień węgielny. Siostra Sandrine woła połączonych członków wspólnoty i dowiaduje się, że wszyscy zostali zabici.
Sophie i Langdon uciekają przed policją. Langdon mówi o bractwie Przeory Syjonu, którego pieczęć jest kluczem. Templariusze przekazali wspólnocie ważne tajne dokumenty sprowadzone z Jerozolimy do Europy, w których mówią o Świętym Graalu.
Nie znajdując nic, Silas zabija Siostrę Sandrine.
Aringarosa otrzymuje dużą sumę z Watykanu.
Adres wskazany na kluczu to bank szwajcarski. Sophie i Langdon znajdują sejf, ale nie znają numeru konta. Prezes oddziału banku, Andre, wie, że są podejrzani o morderstwo, ich zdjęcia zostały już rozpowszechnione przez Interpol. Sophie mówi mu, co się stało. Policja, która ich śledzi, przybywa do banku. Berne zgadza się pomóc w ukryciu, nie potrzebuje problemów w banku, a Sauniere był jego przyjacielem. Langdon przypomina sobie napis przy ciele zmarłego - jest to numer konta.
W sejfie jest wieko z symbolem Priory Syjonu. Zabierając ze sobą pudło, Berne niezauważony wyciąga z banku zbiegów.
Silas żałuje Nauczycielowi, że nie wykonał zadania, ale uspokaja go: wie, komu Sauniere przekazał informację.
Wewnątrz trumny jest krypteks, cylinder z dyskami. Cryptex wynalazł Leonarda da Vinci, ale Sauniere lubił rzeźbić takie rzeczy z drewna. Po przemyśleniu i nauczeniu się od Sophie o obrzędach, które widziała w dzieciństwie, Langdon stwierdza, że Sauniere był jednym z najwyższych członków społeczeństwa, któremu powierzono tajemnicę, a krypteks wskazuje, gdzie znajduje się Graal. Muszą być jeszcze trzy osoby, które były wtajemniczone w tajemnicę, najwyraźniej Sauniere poczuł jakieś niebezpieczeństwo, gdyby chciał powierzyć ten sekret swojej wnuczce i jemu.
Słysząc w radiu, że Sophie i Langdon są oskarżeni o zabicie trzech kolejnych osób, Berne żąda, aby oddali to, co Sauniere powierzył mu do pilnowania. Sophie i Langdon uciekają, zostawiając Berna samego w lesie. Langdon zdaje sobie sprawę, że zdrajca wstąpił do wspólnoty. Postanawia zwrócić się do wybitnego naukowca, Lwa Teabinga, który studiuje Graala. Teabing będzie zainteresowany Critpex i nie przekaże go policji.
Po wysłuchaniu Sophie z Langdonem Teabing pokazuje im obraz Ostatniej Wieczerzy Leonarda da Vinci. Każdy z trzynastu uczestników wieczerzy ma swój własny kielich, ale Biblia i inne legendy uważają, że pojawił się tutaj Święty Graal. Teabing uważa, że Graal nie jest przedmiotem, lecz mężczyzną i kobietą, ponieważ symbolem kobiecości jest naczynie. Ta kobieta jest przedstawiona na zdjęciu, a ona jest Marią Magdaleną.
Według różnych dokumentów i starożytnych zwojów Morza Martwego między Jezusem a Marią Magdaleną istniał romantyczny związek, byli małżonkami. Krew w Graalu jest dzieckiem Jezusa noszonym przez Marię Magdalenę. Kościół ukrył ten fakt i ogłosił Marię Magdalenę nierządnicą, co nie było prawdą.
Aby uratować dziecko, Mary uciekła do Francji i urodziła dziewczynę Sarę. Dokumenty o życiu Jezusa, Maryi i Sary zostały ukryte i znalezione przez templariuszy. Poszukiwanie Świętego Graala jest poszukiwaniem grobu Marii Magdaleny.
Klan Jezusa rozwinął się, związany z klanem królów francuskich i założył Paryż.
Remy informuje sługę Teabinga, że Langdon i Sophie są poszukiwani przez policję.Aby Teabing nie przekazał ich władzom, Langdon pokazuje mu krypteks. Widać to po skradaniu się Silasa pod jego oknem. Tymczasem policja podjeżdża do domu Teabinga.
Po zastanowieniu Teabing, Sophie i Langdon dochodzą do wniosku, że Sauniere przekazał tajemnicę braterstwa Sophie, ponieważ inni, którzy ją znali, zostali zabici. Zabójca musi zostać wysłany przez Kościół.
Teabing studiuje krypteks, a Langdon w drugim pokoju bada trumnę. Znajduje w nim kawałek drewna z napisem w nieznanym mu języku, ale tutaj Silas uderza go w tył głowy. Grożąc Zofii i Teabingowi bronią, Silas żąda, by dał mu krypteks. Teabing wybija mu broń.
Policja wbiega do domu Teabinga, ale Teabing, Remy, Sophie i Landox zabierają Silasa i udaje im się uciec. Langdon nie jest pewien, jak Silas mógł je znaleźć.
Teabing oferuje wszystkim lot samolotem do Anglii. Po zastanowieniu się nad krypteksem zbiegowie decydują, że trzeba znaleźć grób Templariuszy, a zaszyfrowanym słowem jest Sofia. W krypteksie znajduje się kolejny krypteks wraz z notatką stwierdzającą, że musisz znaleźć grób rycerza pochowanego przez papieża w Londynie i zabrać tam piłkę.
Po wysłuchaniu wiadomości Aringarosa zdaje sobie sprawę, w co był zaangażowany Silas, i postanawia polecieć do Londynu.
Oszukawszy angielską policję, Teabing wraz z Langdonem, Sophie, Remy i Silasem udają się do grobu rycerza w kościele, w którym pochowani są templariusze. Podczas gdy Teabing z Sophie i Langdon są w kościele, Remy, który pracuje dla Nauczyciela i spodziewa się dużej sumy, uwalnia Silasa. Silas wpada do kościoła z bronią, żądając, aby otrzymał kamień węgielny. Langdon grozi złamaniem krypteksu. Następnie Remy wkłada broń do świątyni Teabinga, a Langdon oddaje krypteks. Remy zabiera Teabinga i puszcza Sophie z Langdonem.
W domu Teabinga naloty policyjne. Okazuje się, że jego sługa Remy był kiedyś zamieszany w drobne kradzieże. Policja wykrywa również system słuchania ludzi.
Sophie informuje policję o uprowadzeniu Teabinga. Kapitan Fache rozmawia z nią z Francji. Przeprasza za zarzuty i chce spotkać się ze zbiegami.
Nauczyciel wzywa Silasa i prosi Remy, aby przyniósł mu kamień w rezydencji Opus Dei.
W Royal Library Research Center Sophie spotyka Langdona z bibliotekarką Pamelą Getty.
Zostawiając Remy'ego z towarzyszącym Teabingiem w samochodzie, Silas przybywa do rezydencji. Nauczyciel podchodzi do samochodu, którego nikt wcześniej nie widział. Zabija Remy'ego, biorąc Crpex.
Pamela studiuje dokumenty i dochodzi do wniosku, że rycerzem jest Izaak Newton, Wielki Mistrz Zakonu Syjonu, który został przeklęty przez Kościół. Newton został pochowany w Opactwie Westminsterskim przez filozofa Alexandra Popa, którego imię i słowo „Papa” są zapisane tak samo.
Silas zostaje aresztowany w rezydencji Opus Dei. Podczas zatrzymania stawia opór i przypadkowo rani biskupa Arangarosa.
Sophie i Langdon, martwiąc się o Teabing, przybywają do grobu Newtona. Widzi ich ukryty Mistrz. Sophie i Langdon widzą napis na nagrobku, który informuje, gdzie znajduje się Teabing.
We wskazanym miejscu znajdują celujący w nich pistolet Teabinga. To Nauczyciel, który zorganizował zabójstwo Sauniere, rodziny Sophie i innych ludzi, aby nikt nie znał tajemnicy Graala. Teabing zorganizował rozmowę z Remy i Silasem, oszukując ich. Teraz chce przejąć tajemnicę krypteksu.
Silas ciągnie rannego biskupa, by mu pomóc. Kilka miesięcy temu Aringarosowi zasugerowano, że Opus Dei wyszło spod opieki Watykanu. Kiedy biskup odmówił, został powołany przez pewnego Nauczyciela i zaoferowany do pomocy w poszukiwaniu świętej relikwii. Biskup żałuje, że rozkazał Silasowi posłuchać Mistrza.
Próbując się przechytrzyć, Teabing i Langdon odkrywają, co oznacza kula na grobie - jabłko. Ale potem aresztowała policja Teabing.
Silas umiera z ran.
Langdon i Sophie przybywają do Szkocji, do kościoła, co wskazuje na ostatni wpis w krypteksie.Tam spotykają kobietę, która ma dokładnie to samo pudełko. Kobieta okazuje się babcią Sophie, która od wielu lat żyje pod innym imieniem. Młodszy brat Sophie mieszka z babcią. Babcia i brat nie jechali wtedy samochodem, a po tym, co się stało, zostali zmuszeni do ukrycia się.
Sophie nabyła rodzinę i Langdon musi odejść. Umawiają się wkrótce spotkać we Florencji.